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Thèse de doctorat

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Titre

Phylogenetic hypothesis of the Oleeae tribe (Oleaceae): diversification and molecular evolution patterns in plastid and nuclear ribosomal DNA

Auteur

Zedane, Loubab

Directeur de thèse

Besnard, Guillaume

Date de soutenance

2016-05-18

Établissement de soutenance

Université de Toulouse

Université Toulouse III - Paul Sabatier

École doctorale

Sciences écologiques, vétérinaires, agronomiques et bioingénieries (SEVAB)

Structure de recherche

Laboratoire Evolution et Diversité Biologique, UMR 5174

Discipline

Ecologie, biodiversité et évolution

Sujet

Sciences du vivant

Mots-clés en français

Phylogénie

Oleeae

Oleaceae

Biogéographie

Diversification

Plastome génome

ADN ribosomique nucléaire

Teneur de GC

Assemblage du génome

Evolution moléculaire

Taxonomie

Résumé en français

La tribu d'Oleeae (Oleaceae) est un modèle biologique très intéressant pour étudier la diversification et les patterns d'évolution moléculaire chez les plantes. Les reconstitutions de l'histoire évolutive et phylogénétique des relations entre ses espèces ont été au cœur de cette thèse. Ce travail a conduit à des progrès significatifs dans la résolution des relations phylogénétiques au sein de la tribu à différents niveaux taxonomiques. Nous avons démontré que l'utilisation d'une approche de "Genome Skimming" est très appropriée pour générer plastomes complets (ptDNA) et de l'ADN ribosomal nucléaire (nrDNA), même sur un échantillon d'herbier. Nous avons montré l'utilité du ptDNA pour reconstruire la première ossature phylogénétique robuste pour la tribu, et fourni de nouvelles connaissances sur l'histoire biogéographique et sur l'évolution de certains traits. Nous avons aussi montré que l'évolution de la composition en bases du nrDNA peut être influencée par des facteurs climatiques.

Résumé en anglais

The Oleeae tribe (Oleaceae) is a very interesting biological model to investigate plant diversification and molecular evolution patterns. However, a comprehensive phylogeny is missing to accurately describe the evolutionary and biogeographic history of this tribe. Reconstructions the Oleeae evolutionary history and the phylogenetic relationships between its species were the core of this thesis. This work has led to significant progress in resolving the phylogenetic relationships within the tribe at different taxonomic levels. We demonstrated that the use of a shotgun approach is a highly suitable method to generate complete plastomes (ptDNA) and nuclear ribosomal DNA (nrDNA), even on herbarium sample. We showed the usefulness of ptDNA to reconstruct highly resolved phylogeny of Oleeae and provided new insights into the biogeographic history and the evolution of some traits. We also showed that the evolution of nrDNA base-composition seems to be influenced by environmental factors.

Numéro national de thèse

2016TOU30085

Date de publication

2017-02-03T16:46:35